為查找病原菌，應根據實際情況從多方面採集標本：如排泄物、嘔吐物、糞便剩餘食物、用具等。
臨床上引起食物中毒的細菌很多，如沙門氏菌、空腸彎曲菌、葡萄球菌副溶血性弧菌、蠟樣芽胞桿菌、致病性大腸桿菌變形桿菌、肉毒梭菌、小腸結腸炎耶爾森菌等。
沙門菌是引起食物中毒的主要病原菌之一，亦是最常見的食物中毒的原因，一般從病人的糞便或嘔吐物中分離出沙門菌。
金黃色葡萄球菌引起的食物中毒：主要通過對食物或糞便中的腸毒素檢測來進行診斷，因為被污染的食物經加熱後葡萄球菌已被殺死若培養則出現陰性結果，而腸毒素在加熱的情況下並不被破壞。
副溶血性弧菌引起的食物中毒：主要是攝入被副溶血性弧菌污染的水產品和醃菜所致該菌引起的食物中毒主要靠細菌學檢測確診。
空腸彎曲菌引起的食物中毒是由於食入彎曲菌污染的肉類或牛奶所致。該病的確診主要依據細菌學檢測。
小腸結腸炎耶爾森菌引起的食物中毒：採集食物或糞便的標本進行細菌培養。
肉毒梭菌引起的食物中毒：主要是由肉毒梭菌產生的外毒素所引起，通常應在現場採集可疑食物做細菌學檢測或動物試驗。
嬰兒的肉毒梭菌中毒則主要是通過糞便內毒素的檢測來確診，糞便培養結果多為陰性。 |
